我是財立來（上海）財務咨詢有限公司業務二部的財務專家，非常榮幸為您提供解答。您所關注的問題是關于上海公司財務報表往來款有余額是否可以申請注銷稅務的事項。

我們需要明確的是，財務報表往來款有余額并不會直接影響您的稅務注銷申請。關于稅務注銷的程序和要求涉及到多個方面，我們需要細致地分析您的具體情況，以便為您提供準確的指導。

在企業稅務的注銷過程中，財務報表往來款的相關情況，尤其是往來款有余額，可能會被稅務機關當作審查和核實的標準之一。在審查過程中，稅務機關會關注以下幾個方面：

1. 1. 往來款項的性質和用途：您需要清晰地說明往來款的性質，例如是否為購銷商品、服務費用等，以及款項的具體用途。這是因為稅務機關需要核實往來款是否符合合理的商業交易關系。

2. 2. 往來款項的收支情況：您需要提供詳細的記錄，包括收款和付款的時間、對象和金額等。稅務機關會根據這些記錄來判斷企業的經營活動是否符合稅務規定。

3. 3. 往來款項的證明材料：除了財務報表，您還需要準備與往來款項相關的發票、合同、銀行對賬單等證明材料。這些材料將幫助稅務機關對您的財務情況做出準確的判斷。

如果您的往來款項中包含了來自關聯方的資金流動，稅務機關可能會更加審慎地對待這些款項。因為關聯方交易往往涉及到稅務規避等風險，您需要提供更充分的證據來證明這些交易的真實性和合規性。

財務報表往來款有余額不會直接影響您的稅務注銷申請，但相關情況可能會被稅務機關作為審查的依據。在辦理注銷稅務的過程中，我們建議您：

1. 1. 對往來款項進行詳細的整理和記錄，確保明確每筆款項的性質、用途和收支情況。

2. 2. 保留與往來款項相關的所有證明材料，包括發票、合同、銀行對賬單等。

3. 3. 如有涉及關聯方交易，提供充分的證據來證明交易的真實性和合規性。

如果您需要更為詳細的指導或者想要了解更多稅務注銷相關的信息，隨時與我們聯系。財立來（上海）財務咨詢有限公司業務二部將竭誠為您提供專業的解答和幫助。

期待與您合作，謝謝！